466 件の論文
北米のブドウ属（Vitis）の全ゲノム再配列データを用いた大規模解析により、種間交雑による遺伝子導入が地理的分布や生態的ニッチの縁に広く見られ、適応進化の反復性において共有された遺伝的変異が中心的な役割を果たしていることが明らかになった。
本論文は、多毛類マルココエロス・フルイギノスゥスの脳眼を対象とした統合的な解析により、異なる時期に発生する腹側と背側の眼が共通の祖先眼の重複に由来し、それぞれが段階的な機能を持つ複数の眼対へと分化したことを示唆しています。
この論文は、大腸菌の長期進化実験から得られた変異株を用いた競合実験を通じて、進化動態や遺伝的多様性の維持を予測する際、変異の適応度効果が頻度に依存しないという従来の仮定が誤りであり、むしろ約 80% のケースで負の頻度依存性が観測され、これが進化の軌跡を根本的に変えることを実証したものである。
この論文は、パシフィック・バイオサイエンシスの長鎖リードシーケンシングを用いてマダラコバチ（Timema）を解析した結果、性差を持つ遺伝子のスプライシング多様性が性選択によって維持されている一方、無性生殖への移行に伴ってその多様性が失われることを明らかにしたものである。
この論文は、米国大西洋岸のミエミプシス（Mnemiopsis）のゲノム解析を通じて、以前は単一種と考えられていたものが実際には M. leidyi と M. gardeni という 2 種から成ることを明らかにし、氷河期以降の海洋環境変化が浮遊生物における種分化と適応を駆動したことを示しています。
本論文は、遺伝子重複と欠失（GDL）を含む大規模なゲノムデータセットにおいても、既存の手法を凌駕する精度で種系統樹を推定できる新しい手法「wQFM-GDL」を開発し、その有効性を実証したものである。
この論文は、機械学習を用いた解析により、黄熱病媒介蚊であるアエデス・エジプティにおいて、従来の「ハード」選択的掃引よりも「ソフト」選択的掃引が支配的であり、これが環境ストレスへの迅速な適応や殺虫剤耐性の獲得を可能にしていることを明らかにしたものである。
本論文は、ホウシャクウニの体腔液から単細胞 RNA シーケンシングを用いて 10 の転写プロファイルを持つコエロサイト集団を同定し、そのうち 6 クラスをカロテノサイトとして特定するとともに、免疫機能の多様性や系統進化に関する新たな知見を提供した先駆的な研究である。
本研究は、Drosophila melanogaster と D. simulans の間における生殖隔離の分子メカニズムを解明し、D. simulans 固有の Topoisomerase II の適応進化が、種特異的な反復配列のトポロジカルなストレスを解決できなくなることで交雑胚の致死性を引き起こすことを示しました。
本論文は、パラメシウム属（Paramecium）において、体細胞核と生殖細胞核が分離しているという特徴により、遺伝的距離が極めて遠い異なる種間でも交配が繰り返し起こり、 viable な子孫を残すことでゲノムに大規模な水平遺伝子導入が生じることを明らかにした。
イタリア・トスカーナ州の紀元前 4950 年頃の遺跡から得られた古代 DNA 解析により、イタリア半島で最も古い Yersinia pestis（ペスト菌）の感染が確認され、その個体が Hepatitis B ウイルスや Erysipelothrix rhusiopathiae との共感染を示すとともに、約 8,300 年前から 100 年前までの 60 個の新たな Erysipelothrix 属細菌ゲノムが報告され、先史時代ヨーロッパにおけるペストの伝播経路や病態動態に関する新たな知見が得られた。
本研究は、分子データ向けに開発された共変量モデルを形態データ用に拡張した「covariomorph モデル」を RevBayes に実装し、シミュレーションと 164 の実データによる検証を通じて、系統推定における分枝長やトポロジーの精度向上に寄与する新たな枠組みを提案したものである。
この論文は、環境変化による絶滅回避（進化的救済）が、単に個体群の内在的成長率だけでなく、資源種との明示的な相互作用を通じて r と K に異なる影響を与える生態的効果、および個体群の生活史や遺伝的構造に依存することを示し、救済確率の予測には成長率の測定だけでは不十分であることを明らかにしています。
本研究は、開発した新しいバイオインフォマティクス解析パイプラインを用いて野生のイエネズミ 163 個体のゲノムを網羅的に調査し、10 万を超える非参照エンドジェンousレトロウイルス挿入変異を同定し、それらが亜種や個体群間で多様な分布を示すとともに、適応進化や集団分化に重要な役割を果たしていることを明らかにしました。
この研究は、ヨーロッパの複数の野外実験圃場において、乾燥ストレス下でも野生イチゴ（Fragaria vesca）のロゼット直径と草食抵抗性に対する自然選択と遺伝的構造の相互作用が環境によって大きく変化し、進化的応答が文脈依存的であることを示している。
本論文は、ゲノム解析を通じて、チベット高原の隆起や気候変動に伴う地学的・気候的変動が、コイリア属の魚類においてMiocene期に分化を引き起こしつつも、免疫や浸透圧調節などの適応形質に関わる領域での古代の相互的な遺伝子流動（適応的交雑）が種分化と長期的な存続に重要な役割を果たしたことを明らかにしたものである。
本論文は、スズメバチによる種子散布（vespicochory）を行う Stemona 属のゲノム解析を通じて、エライオソームと種子間での脂肪酸の分化メカニズムを解明し、アリ散布からスズメバチ散布への進化が共通の生化学的基盤に支えられていることを示唆しています。
この論文は、アミノ酸残基間の複雑な相互作用や挿入・欠失を考慮し、生きたタンパク質進化のダイナミクスを学習する深層学習フレームワーク「PEINT」を提案し、実験的に機能を保つ新規タンパク質変異体を生成できることを示したものである。
この論文は、果実の翅の形態進化における「変異・遺伝的分散・種間分化」の一致と進化速度の遅延というパラドックスを、翅の機能形質（翅の大きさ）に対する単一の自然選択が、変異共分散構造によって誘発される相関応答として翅の複雑な幾何学的形状の進化を説明する「多面的なハッチハッキングモデル」によって解決したことを示しています。
この研究は、公開された単一遺伝子データを用いてコウモリの系統多様性を解析し、歴史的な気温変動が全球的なパターンを決定する主要因であることを明らかにするとともに、空間スケールや多様性の指標の選択が生物多様性の評価に重要であることを示しています。